对硝基苯酚降解产物与FK506结合蛋白相互作用分子机制

杨传玺, 王小宁, 朱青, 薛岩, 刘琳, 刘永林, 谢康, 陈栋, 孙好芬, 王炜亮. 对硝基苯酚降解产物与FK506结合蛋白相互作用分子机制[J]. 环境化学, 2024, 43(5): 1659-1669. doi: 10.7524/j.issn.0254-6108.2022112101
引用本文: 杨传玺, 王小宁, 朱青, 薛岩, 刘琳, 刘永林, 谢康, 陈栋, 孙好芬, 王炜亮. 对硝基苯酚降解产物与FK506结合蛋白相互作用分子机制[J]. 环境化学, 2024, 43(5): 1659-1669. doi: 10.7524/j.issn.0254-6108.2022112101
YANG Chuanxi, WANG Xiaoning, ZHU Qing, XUE Yan, LIU Lin, LIU Yonglin, XIE Kang, CHEN Dong, SUN Haofen, WANG Weiliang. Molecular mechanism on interaction between p-nitrophenol degradation products and FK506 binding protein[J]. Environmental Chemistry, 2024, 43(5): 1659-1669. doi: 10.7524/j.issn.0254-6108.2022112101
Citation: YANG Chuanxi, WANG Xiaoning, ZHU Qing, XUE Yan, LIU Lin, LIU Yonglin, XIE Kang, CHEN Dong, SUN Haofen, WANG Weiliang. Molecular mechanism on interaction between p-nitrophenol degradation products and FK506 binding protein[J]. Environmental Chemistry, 2024, 43(5): 1659-1669. doi: 10.7524/j.issn.0254-6108.2022112101

对硝基苯酚降解产物与FK506结合蛋白相互作用分子机制

    通讯作者: E-mail:sdqcsdnu@163.com
  • 基金项目:
    国家自然科学基金(42207019,41672340)资助.
  • 中图分类号: X-1; O6

Molecular mechanism on interaction between p-nitrophenol degradation products and FK506 binding protein

    Corresponding author: WANG Weiliang, sdqcsdnu@163.com
  • Fund Project: the National Natural Science Foundation of China(42207019,41672340).
  • 摘要: 对硝基苯酚(p-nitrophenol,p-NP)作为典型内分泌干扰物,其环境污染与人体健康问题一直是环境领域的研究热点. 环境中对硝基苯酚降解产物(p-NP degradation products,p-NP-DPs)与FK506结合蛋白(FK506 binding protein,FKBP5)结合形成p-NP-DPs-FKBP5加合物是p-NP-DPs产生雌激素和抗雄激素活性的主要机制. 然而,p-NP-DPs与FKBP5相互作用的分子水平机制尚未引起足够的重视. 本文采用分子对接技术模拟计算p-NP-DPs与FKBP5相互作用的结合能和结合面积. 结果表明,p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合面积顺序为213 Å2(4-硝基邻苯二酚)>200 Å2p-NP)>184 Å2(邻苯二酚)>175 Å2(对苯二酚)>173 Å2(苯酚)>171 Å2(对苯醌),结合能顺序为−3.69 kcal·mol−1(4-硝基邻苯二酚)> −3.76 kcal·mol−1p-NP)> −3.81 kcal·mol−1(对苯二酚/邻苯二酚)>−3.83 kcal·mol−1(对苯醌)> −3.91 kcal·mol−1(苯酚),高频氨基酸残基为Pro221、Gly224、Glu227、Ala228、Gly282、Lys283、Tyr284、Met285和Gln286,p-NP-DPs药效团主要包括氢键供体(—OH)、氢键受体(—NO2和C=O)、芳香中心(苯环)和疏水中心(C原子). p-NP-DPs理化性质对p-NP-DPs与FKBP5相互作用强度的影响主要取决于分子量和拓扑极表面积(100%)、氢键受体数量(75%)、密度(50%)和闪点(25%). 本研究对认识水环境中p-NP-DPs分子水平健康效应和环境风险具有重要科学意义.
  • 多环芳烃(polycyclic aromatic hydrocarbons, PAHs)是一类环境中广泛存在的有机污染物,主要来自于人为源,如石油泄漏、汽车排放、化石燃料和生物质燃烧、工业过程以及化学制造,也有部分来自火山活动、森林火灾和成岩作用等自然源[1-2]. 这类污染物因其分布广、生物累积性和对人类的潜在生态风险[3]而受到广泛关注. 16种PAHs被美国环境保护署(USEPA)列为优先控制的污染物[4]. 其中,含有2—3个苯环的低分子量PAHs被认为是非致癌物,而含有4—6个环的7个高分子量PAHs被列为致癌物[5]. PAHs一旦释放到环境中,能够通过水和空气进行长距离的迁移,扩散到全球范围的土壤[6-7]、沉积物[8-9]、水[10]和大气[11-12]中. PAHs不易降解,容易被土壤颗粒吸附[13-14],因此土壤埋藏了环境中90%以上的PAHs,是一个重要的汇[15].

    尽管存在一些自然来源,造成全球范围内PAHs污染的主要原因仍是与城市化密切相关的人为排放[16]. 许多发展中国家,尤其是中国,正处于城市化兴起与快速发展的过渡时期. 由于大规模的城市化和工业化,我国城市地区大量人口密集,随之出现工业活动加剧、汽车使用激增等现象,从而导致大量PAHs通过大气沉降进入城市土壤[17-18]. 此外,PAHs在城市土壤中的分布主要归因于其释放源的类型和位置[19-20]. 因此,加剧的人类活动可能会改变城市土壤环境中PAHs的组成和分布. 基于不同PAH毒性的差异性,组成的改变也可能会引起暴露人群健康风险的变化. 然而,这个问题迄今为止较少引起关注[21].

    研究表明,城市化可能是影响城市土壤中PAHs环境行为的关键因素. Wang等[22]通过分析土壤PAHs浓度、城市化指标以及土壤理化性质之间的相关性,提出人口密度是影响南京城市土壤PAHs含量的关键因素之一. Cao等[21]基于苏南一个快速发展的城镇土壤中2009年和2014年PAHs的浓度,将其含量、组成和来源的变化归因于城市化进程. Jensen等[23]发现挪威南部邻近奥斯陆的地区,因其人口较多和城市化程度较高,土壤中PAHs浓度高于位于挪威北部,人口较少的地区. 此外,也有一些学者[19, 24-26]利用湖泊和水库中的柱状沉积物,以及不同城市化阶段或不同深度的土壤样品,探讨PAHs的环境行为与城市化过程之间的关系. 然而,深入探讨某个特定时期城市化进程对城市土壤中PAHs浓度、来源和暴露风险影响的研究却很少.

    2008年至2012年,天津市处在城市化最快的时期[27],且2012年以前,全市生产总值(GDP)增速均保持在16%以上,为近15年来最高水平[28]. 本研究基于天津市近郊地区(包括西青区、津南区、北辰区和东丽区)土壤中的16种优先控制PAHs的浓度数据,利用正定矩阵因子分解(positive matrix factorization, PMF)模型和终身累积癌症风险(incremental lifetime cancer risk, ILCR)模型定量解析出2008年和2012年天津市近郊地区土壤中PAHs的来源组成以及人体暴露风险,并将两个年份的解析结果进行对比分析. 旨在通过定点定期的监测结果,探讨在经济高速发展的背景下,快速城市化过程中区域土壤中PAHs排放源的变化及其引起的浓度、组成和生态风险的改变,进而揭示人类活动对城市环境的影响.

    2008年8月[29]和2012年10月[30]在天津市近郊地区(西青区、津南区、北辰区和东丽区)使用不锈钢勺分别采集获得83个和60个土壤样品(表层0—10 cm,各1 kg),并储存在聚乙烯密封袋中. 每1个样品由10—20个采自于站位点周边10×10 m2范围内的子样品混合而成. 每次采样之前使用丙酮冲洗不锈钢勺防止沾污. 所有土壤样品均放置在暗处,并尽快运送到实验室,经风干、研磨、过筛(50目)之后,于−20 ℃环境下保存.

    采用加速溶剂萃取法(accelerated solvent extraction, ASE)对土壤样品进行萃取. 取16 g冻干土壤样品和5 g二氧化硅混匀后倒入34 mL ASE样品瓶,以丙酮与二氯甲烷(1:1体积比)混合溶液为萃取溶剂,将样品在温度和压力分别为120 °C和1500 psi的条件下萃取2次,每次5分钟,所得的提取液蒸发至近干,加入9 mL环己烷与丙酮(1:1体积比)的混合溶液. 替换溶剂之后的提取液依次使用凝胶色谱(LCTech Geremany)和弗罗里硅固相萃取柱进行纯化,所得洗脱液经氮吹浓缩至1 mL转入棕色安捷伦进样瓶中上机分析. 采用GC-MS方法对PAHs进行定量分析,仪器参数和分析方法的质量控制见文献[29]. 16种PAHs包括萘(NAP)、苊(ACE)、芴(FLO)、二氢苊(ACY)、菲(PHE)、蒽(ANT)、荧蒽(FLA)、芘(PYR)、䓛(CHR)、苯并(a)蒽(BaA)、苯并(b)荧蒽(BbF)、苯并(k)荧蒽(BkF)、苯并(a)芘(BaP)、二苯并(a,h)蒽(DahA)、苯并(g,h,i)苝(BghiP)和茚苯(1,2,3-cd)芘(IcdP). PAHs加标回收率和指示物回收率分别为62.2%—116.7%和70.6%—119.1%.

    PMF是由Paatero和Tapper[31]开发的,基于主成分分析的非负约束受体模型,常用于环境中PAHs的源解析[32]. 该模型的矩阵方程式为:

    X=G×F+E

    式中,X代表由n个样品的m种化合物的浓度组成的样品浓度数据矩阵;G代表主要源的贡献率矩阵(n×pp为源的个数);F代表主要源的成分谱矩阵(p×m);E代表残差矩阵(n×m),定义为:

    eij=xijpk=1gikfkj

    式中,eijxijgikfkj分别为EXGF中的对应元素. 在对FG进行非负约束的同时,对每个数据点的不确定性进行加权. Q是模型的判据之一,当其收敛时才可进一步分析,且多次运行选Q较小的值来继续分析. Q的计算公式为:

    Q=ni=1mj=1(eijσij)2

    式中σij为第i个样品中第j种化合物的不确定性,其他项含义如前文所述.

    本研究利用USEPA开发的PMF模型软件5.0,基于83(样品)×16(PAHs)数据集和60(样品)×16(PAHs)数据集,分别对2008年和2012年天津市近郊地区土壤中PAHs来源进行识别. 模型解析目标设置为计算出3到6个因子,且每次运行都用不同的起始点进行初始化. 对于每次运行,正定矩阵因子分解模型的样品数符合模型对最少样本量的需求,即样本数大于物种数的3倍[33].

    利用ILCR模型可定量评估城市居民通过摄入、皮肤接触和吸入3种方式暴露于土壤PAHs的潜在健康风险[34-35]. 基于USEPA标准模型计算潜在癌症风险的方程式[36-37]如下.

    ILCRingestion=CS×(CSFingestion×3BW/70)×IRingestion×EF×EDBW×AT×106ILCRdermal=CS×(CSFdermal×3BW/70)×SA×AF×ABS×EF×EDBW×AT×106ILCRinhalation=CS×(CSFinhalation×3BW/70)×IRinhalation×EF×EDBW×AT×106

    其中,CS是土壤中PAHs基于BaP的毒性当量[1](toxic equivalency factor, TEF)计算的转换浓度之和(mg·kg−1);CSF是致癌物斜率因子(mg·kg−1·d−1−1, 根据BaP的致癌能力进行测定;BW是体重;IRingestion和IRinhalation人体土壤摄入效率和吸入效率;EF代表暴露频率;ED是暴露时长;SA是皮肤表面积;AF是真皮粘附因子;ABS为真皮吸附因子;AT为平均寿命;PEF为颗粒释放因子(见表1). BaP的CSFingestion、CSFdermal和CSFinhalation分别为7.3、25、3.85(mg·kg−1·d−1-1[38].

    表 1  ILCR评估模型参数值[39]
    Table 1.  Parameters used in the ILCR assessment[39]
    暴露参数Exposure parameter单位Unit儿童Child青少年Adolescent成人Adult
    BWkg13.9546.7558.78
    IRingestionmg·d−1200100100
    IRinhalationm3·d−110.917.717.5
    EFd·a−1350350350
    EDa61430
    SAcm2280028005700
    AFmg·cm−20.20.20.07
    ABS0.130.130.13
    ATd255502555025550
    PEFm3·kg−11.36×1091.36×1091.36E×109
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    1991年USEPA发布的指南指出[37],百万分之一的癌症发病几率(ILCR = 10−6)是可接受的阈值. 因此,依据ILCR的判断标准如下:ILCR ≤ 10−6时代表可忽略风险;10−6 < ILCR < 10−4表示低风险;ILCR ≥ 10−4表示癌症高风险,需要特别关注. 在本研究中,依据年龄将居民分为儿童(0—10岁)、青少年(11—18岁)和成人(19—70岁)的3个群体进行癌症风险评估.

    利用Origin2019软件进行数据记录、数据处理以及表格制作;利用USEPA PMF 5.0软件进行PAHs来源识别及贡献计算. 天津市及其区县社会经济发展的数据分别引自2009年、2013年、2014年和2015年天津统计年鉴[28].

    2008年至2012年,天津市近郊地区表层土壤中16种PAHs浓度呈倍数增长,7种致癌PAHs浓度也呈上升趋势. 如表2所示,五环化合物的浓度占比大幅度下降,而二环和四环化合物的占比均显著增加, 低分子量组分的比例由28.6%上升到34.8%. 优势化合物由苯并(b)荧蒽、荧蒽和苯并(g, h, i)苝转变为菲、萘和荧蒽. 萘、二氢苊、菲等低分子量PAHs的浓度明显增加. 虽然PAHs被认为是持久性有机污染物能长期存在于环境中,但其仍可通过光化学降解、生物降解和挥发作用从土壤中去除[40]. 以往的研究发现[21, 41],PAHs在土壤中长期埋藏后,浓度会显著下降. 另外,具有不同个数苯环的PAHs在土壤中表现出不同的环境行为[15]. 高分子量的PAHs通常能在土壤中埋藏较长时间,其降解速率随着分子量的增加而降低[42],而低分子量的更容易被光降解或生物降解. 因此,总浓度以及低分子量组分占比的增加,表明土壤环境中存在持续不断的PAHs输入,且污染状况趋于严重,这与该地区5年内经济高速发展,城市化进程加快有着密切的关系. 2008年西青区、津南区、北辰区和东丽区的常住人口总计228.59万,区县生产总值(GDP)共计1336.66亿元[28]. 2012年,4个区的常住人口增加到283.03万,区县生产总值(GDP)增加了近一倍,达到2552.27亿元[28]. 通常来说,人为源是环境中PAHs急剧增加的主要原因. 城市土壤中的PAHs主要来源于工业活动、机动车排放以及居民烹饪和取暖,因此,其受到区域经济发展水平、人口和工业化程度的影响[22, 43].

    表 2  天津市近郊区土壤中PAHs毒性当量因子、含量及组成
    Table 2.  Toxic equivalent factors, composition, and concentrations of PAHs in surface soils from suburban Tianjin in 2008 and 2012
    PAHs环数Aromatic ring毒性当量因子TEF2008(n = 83)2012(n = 60)
    均值/(ng·g−1)Mean范围/(ng·g−1)Range组成占比/%Proportion均值/(ng·g−1)Mean范围/(ng·g−1)Range组成占比/%Proportion
    20.00118.72.72—1336.068.2ND—44110.8
    二氢苊30.0013.96ND—42.61.035.2ND—6974.1
    30.0013.10ND—19.21.34.44ND—31.00.5
    30.00117.01.23—86.58.412.8ND—78.02.0
    30.00136.51.98—3368.41317.45—109116.4
    30.0116.60.502—3063.611.60.450—1071.0
    荧蒽40.00163.42.39—7929.4255ND—327815.6
    40.00156.91.17—7288.01541.00—19779.0
    苯并(a)蒽*40.133.10.225—3865.268.70.470—8413.9
    *40.0146.10.717—5066.497.90.850—12106.7
    苯并(b)荧蒽*50.1103ND—101013.61181.38—13628.1
    苯并(k)荧蒽*50.143.6ND—6695.543.30.230—5492.6
    苯并(a)芘*5152.2ND—7286.886.60.370—11184.8
    二苯并(a, h)蒽*5122.9ND—2524.033.4ND—3482.4
    茚苯(1, 2, 3-cd)芘*60.123.3ND—2443.11062.37—12377.1
    苯并(g, h, i)苝60.0166.3ND—8869.270.01.23—7754.9
    二环化合物18.72.72—1336.068.2ND—44110.8
    三环化合物77.26.34—70122.61957.90—158624.0
    四环化合物1998.53—241329.15752.32—730635.2
    五环化合物221ND—244530.02811.98—337717.9
    六环化合物89.6ND—112912.31764.90—201212.0
    Σ7-carPAHs3245.03—358244.75547.98—666635.6
    Σ16PAHs60629.7—6705100129622.9—14722100
      注:“*”代表7种具有致癌作用的PAHs;“ND”代表未检出;“Σ7-carPAHs”代表7种具有致癌作用PAHs总含量;“Σ16PAHs”代表16种PAHs总含量.  * stands for 7 carcinogenic PAHs, ND stands for not detected, Σ7-carPAHs stands for total concentrations of 7 carcinogenic PAHs, Σ16PAHs stands for total concentrations of 16 PAHs.
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    2008年PAHs来源成分谱如图1所示,模型筛选出5个因子. 因子1中表征炼焦生产的芴[44]占比达到71.2%,推断该因子代表炼焦排放,其贡献为6.0%. 因子2中蒽和菲的占比较高,分别为61.6%和52.5%,符合生物质燃烧的排放特征[16, 45],推断因子2为生物质燃烧排放,其贡献为14.5%. 因子3中优势组分为萘、苊和二氢苊,占比分别为54.6%、63.9%和66.9%. 萘是原油和石油产品的重要组成部分[46-48],并且二环和三环PAHs多与石油类来源有关[49-51]. 因此,因子3表示石油源,其贡献为5.1%. 因子4中荧蒽(69.5%)、芘(70.8%)、䓛(56.2%)、苯并(a)蒽(72.9%)、苯并(b)荧蒽(67.1%)、苯并(k)荧蒽(55.6%)和苯并(a)芘(70.7%)占比较高,符合煤燃烧排放特征[16, 52-55]. 因此,因子4表示燃煤源,其贡献为51.3%. 因子5中表征汽车尾气[16, 56-57]的二苯并(a,h)蒽、茚苯(1,2,3-cd)芘和苯并(g,h,i)苝占比较高,分别为94.6%、51.2%和71.0%,推断该因子代表机动车排放,其贡献为23.1%.

    图 1  2008年天津市近郊区土壤中PAHs来源成分谱
    Figure 1.  Profiles of each deductive source in 2008 obtained from PMF model

    2012年PAHs来源成分谱如图2所示,模型也筛选出5个因子. 因子1中荧蒽、芘、䓛、苯并(a)蒽、苯并(b)荧蒽、苯并(k)荧蒽和苯并(a)芘占比较高,分别为61.1%、56.8%、52.0%、57.5%、52.4%、55.0%和59.6%,符合煤燃烧排放特征[16, 52-55]. 因此,因子1表示燃煤源,其贡献为41.0%. 因子2中表征原油和石油产品的萘[46-48]占比达83.2%,推断该因子为石油源,其贡献为22.3%. 因子3中苊、芴和菲占比相对较高,其中芴和菲的占比分别为42.6%和26.8%,是炼焦生产的表征化合物[44, 55]. 因此,因子3应该与焦炭的生产密切相关,其贡献为4.7%. 因子4中生物质燃烧过程排放的优势化合物二氢苊[44-45]占比高达91.8%,推断该因子代表生物质燃烧排放,其贡献为3.6%. 因子5中的优势组分为二苯并(a,h)蒽、茚苯(1,2,3-cd)芘和苯并(g,h,i)苝,占比分别为78.7%、38.3%和33.2%,符合汽车尾气排放特征[16, 56-57]. 因此,推断该因子代表机动车排放,其贡献为28.4%.

    图 2  2012年天津市近郊区土壤中PAHs来源成分谱
    Figure 2.  Profiles of each deductive source in 2012 obtained from PMF model

    基于上述PMF的解析结果发现,天津市近郊区域土壤中PAHs来源贡献率变化较大的是燃煤源、生物质燃烧排放和石油源. 其中,燃煤源和生物质燃烧排放的贡献率分别由2008年的51.3%和14.5%下降到2012年的41.0%和3.6%(图3). 虽然煤炭是天津市工业的主要能源,但是燃煤源的贡献率在5年内下降了10.3%. 此外,根据地理位置和居民的生活习惯,调查区域的生物质燃烧应与露天焚烧秸秆和居民烹饪有关. 2008年天津市启动生态城市建设行动计划,包括生态区县建设,改善水、空气、生态环境质量,提升固体废物综合利用水平,加强农村环境污染防治,发展循环经济等7个方面. 为了实现节能减排、改善城市环境质量,很多企业在生产过程中使用电力、天然气等清洁能源取代了煤炭,到2012年,天津市单位工业增加值能耗由2008年的1.16吨标准煤每万元下降到0.95吨标准煤每万元. 因此,燃煤源贡献率的下降可能与该区域工业化发展过程中能源结构的变化、装备和技术的不断发展有关. 另一方面,生物质燃烧排放贡献率的下降则可能与禁止露天生物质燃烧,以及电力和液化石油气取代了生物质作为烹饪燃料有关.

    图 3  PAHs来源贡献率变化趋势
    Figure 3.  Comparison of the source contributions for 2008 and 2012

    但是,5年内石油源的贡献率却由5.1%上升到22.3%. 天津作为我国北部重要的工业城市,石油化工是其优势产业之一. 2008年天津市石油化工联合其他五大优势产业完成工业总产值8323.89亿元,而到2012年仅石油化工这一项优势产业就完成产值3626.63亿元. 2017年发布的天津市石油和化学工业发展“十三五”规划纲要指出,2015年全市拥有石化企业711家,资产总额3756.57亿元,全年实现产值4024.32亿元,约占全市规模以上工业的15%. 到2020年,石油化工产业总产值将超过6000亿元. 同时,天津市也因天津港成为我国北部最重要的国际航运物流中心之一. 2020年天津港口货物吞吐量突破5亿吨,集装箱吞吐量突破1800万标准箱,均在全国港口中居第六位,“十三五”时期集装箱吞吐量年均增长5.4%,稳居全球集装箱港口十强. 因此,石油化工产业和航运物流产业的快速扩张与发展可能是石油源贡献率迅速增长的一个重要原因.

    ILCR模型解析结果表明,2008年和2012年天津市近郊地区居民土壤PAHs暴露风险值ILCRsinhalation的数量级在10-14—10-10之间,远低于10−6. 因此,居民通过吸入方式接触到土壤中PAHs而导致的健康风险可以忽略.

    表3所示,2008年近郊地区居民土壤PAHs暴露风险值ILCRsingestion和ILCRsdermal的范围分别为1.19 × 10−9—5.89 × 10−6和2.84 × 10−9—1.00 × 10−5,它们最大值分别出现在儿童和成人. 根据不同年龄段暴露人群的统计结果,分别有32.5%、24.1%和36.1%的土壤样品的儿童、青少年和成人暴露总风险值ILCRstotal处于低风险判定区间内. 2012年居民各暴露途径的风险值ILCRs均高于2008年,ILCRsingestion的范围为2.84 × 10−9—9.51 × 10−6,ILCRsdermal的范围为6.79 × 10−9—1.62 × 10−5,两者最大值出现的年龄段和2008年一致. 儿童、青少年和成人暴露总风险值ILCRstotal大于10−6的土壤样品比例分别为41.7%、36.7%和45.0%,较2008年均有不同程度的增长. 值得注意的是,2008年和2012年居民土壤PAHs暴露风险值ILCRsdermal均高于ILCRsingestion,并且2012年青少年和成人暴露风险值ILCRsdermal的均值较2008年增长了一个数量级. 上述结果表明,2008年到2012年,天津市近郊地区居民土壤PAHs暴露风险在不断增加,且皮肤接触是主要的暴露途径;儿童因其对致癌物的高敏感性应归为最敏感的亚群体. 人群暴露风险的增加可能与机动车排放源贡献率增加有关. 根据PMF解析结果,虽然2012年机动车排放贡献率较2008年仅增加了5.3%,但是其估算排放量是2008年的2.6倍. 机动车排放量大幅度的增加导致更多的具有强致癌效力的特征组分[1, 56-57],如苯并(a)芘、二苯并(a, h)蒽和茚苯(1, 2, 3-cd)芘进入到土壤中,增加暴露人群的健康风险. 另一方面,石油源的贡献率和估算排放量的增幅虽然最大,但其排放至环境中的组分主要是致癌效力较低的低分子量PAHs.

    表 3  不同群体暴露于土壤PAHs的潜在癌症风险
    Table 3.  Age-specific potential cancer risk via exposure to soil PAHs in 2008 and 2012
    20082012
    人群Population均值Mean最小值Min最大值Max均值Mean最小值Min最大值Max
    儿童ChildILCRingestion4.87 × 10−72.28 × 10−95.89 × 10−67.84 × 10−75.45 × 10−99.51 × 10−6
    ILCRdermal6.07 × 10−72.84 × 10−97.34 × 10−69.78 × 10−76.79 × 10−91.19 × 10−5
    ILCRtotal1.09 × 10−65.12 × 10−91.32 × 10−51.76 × 10−61.22 × 10−82.14 × 10−5
    青少年AdolescentILCRingestion2.53 × 10−71.19 × 10−93.07 × 10−64.09 × 10−72.84 × 10−94.95 × 10−6
    ILCRdermal6.32 × 10−72.96 × 10−97.65 × 10−61.02 × 10−67.08 × 10−91.24 × 10−5
    ILCRtotal8.85 × 10−74.14 × 10−91.07 × 10−51.43 × 10−69.92 × 10−91.73 × 10−5
    成人AdultILCRingestion4.66 × 10−72.18 × 10−95.65 × 10−67.52 × 10−75.22 × 10−99.11 × 10−6
    ILCRdermal8.28 × 10−73.88 × 10−91.00 × 10−51.34 × 10−69.28 × 10−91.62 × 10−5
    ILCRtotal1.29 × 10−66.06 × 10−91.57 × 10−52.09 × 10−61.45 × 10−82.53 × 10−5
      注:ILCRtotal = ILCRingestion + ILCRdermal
     | Show Table
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    2008年至2012年,天津市近郊地区城市化发展在一定程度上改变了土壤中PAHs的来源、含量和组成.

    (1) 土壤中16种PAHs的总含量均值增加了1倍,菲、萘和荧蒽取代苯并(b)荧蒽、荧蒽和苯并(g, h, i)苝成为优势组分,萘、二氢苊、菲等低分子量PAHs的浓度明显增加.

    (2) 五环化合物占比大幅度下降,而二环和四环化合物占比均显著增加.

    (3) PMF解析结果表明,燃煤源和生物质燃烧排放的贡献率均减少10%以上,石油源的贡献率增加17.2%.

    (4) 当地居民土壤PAHs暴露风险在不断增加,儿童作为最敏感的亚群体应受到关注,皮肤接触是主要的暴露途径. 机动车排放源贡献率的增加可能的导致暴露风险上升的重要原因.

  • 图 1  p-NP-DPs结构式:p-NP(a)、苯酚(b)、对苯二酚(c)、对苯醌(d)、4-硝基邻苯二酚(e)和邻苯二酚(f)

    Figure 1.  Structure of p-NP-DPs: p-NP (a), phenol (b), p-dihydroxybenzene (c), p-benzoquinone (d), 4-nitrocatechol (e) and o-dihydroxybenzene (f)

    图 2  p-NP-DPs与FKBP5相互作用的分子对接结果

    Figure 2.  Interaction results between p-NP-DPs and FKBP5 using molecular docking technology

    图 3  小分子种类/分子量对结合能和结合面积的影响

    Figure 3.  Effect on binding energy and binding area with types/molecular weight of small moleculars

    图 4  p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合区域:p-NP(a)、苯酚(b)、对苯二酚(c)、对苯醌(d)、4-硝基邻苯二酚(e)和邻苯二酚(f)

    Figure 4.  Binding domain between p-NP-DPs and FKBP5: p-NP (a), phenol (b), p-dihydroxybenzene (c), p-benzoquinone (d), 4-nitrocatechol (e) and o-dihydroxybenzene (f)

    图 5  p-NP-DPs与FKBP5相互作用药效团:p-NP(a)、苯酚(b)、对苯二酚(c)、对苯醌(d)、4-硝基邻苯二酚(e)和邻苯二酚(f)氢键受体: hydrogen-bond acceptor(HA);氢键供体: hydrogen-bond donor(HD);芳香-疏水中心: aromatic-hydrophobic center(AHC);疏水中心: hydrophobic center(HC)

    Figure 5.  Pharmacophores between p-NP-DPs and FKBP5: p-NP (a), phenol (b), p-dihydroxybenzene (c), p-benzoquinone (d), 4-nitrocatechol (e) and o-dihydroxybenzene (f)

    图 6  高频氨基酸分布

    Figure 6.  Distribution of high frequency amino acid residues

    表 1  p-NP-DPs的理化性质

    Table 1.  Physicochemical property of p-NP-DPs

    名称Sample CAS 熔点/°C Melting point 沸点/°C Boiling poin 闪点/°C Flash point 密度/(g·cm−3) Density lgSw
    p-NP 100—02—7 113—114 279 169 1.480—1.50 -0.74
    苯酚Phenol 108—95—2 40.9 181.8 79 1.04—1.07 0
    对苯二酚p-dihydroxybenzene 123—31—9 170—173 285—287 165 1.330—1.332 N/A
    对苯醌p-benzoquinone 106—51—4 114—116 180 93 1.318—1.320 N/A
    4-硝基邻苯二酚4-nitrocatechol 3316—09—4 174—176 N/A N/A N/A N/A
    邻苯二酚o-dihydroxybenzene 120—80—9 105 245 127 1.344 0.62
    名称Sample 相对分子质量Molecular weight lgP 拓扑极表面积/Å2Topological polar surface area 氢键供体数量Hydrogen bond donor count 氢键受体数量Hydrogen bond acceptor count
    p-NP 139.1100 1.91 66 1 3
    苯酚Phenol 94.1130 1.46 20.2 1 1
    对苯二酚p-dihydroxybenzene 110.1120 0.59 40.5 2 2
    对苯醌p-benzoquinone 108.0960 0.2 34.1 0 2
    4-硝基邻苯二酚4-nitrocatechol 155.1090 1.66 86.3 2 4
    邻苯二酚o-dihydroxybenzene 110.1120 0.88 40.5 2 2
      说明:N/A为数据未查到
    名称Sample CAS 熔点/°C Melting point 沸点/°C Boiling poin 闪点/°C Flash point 密度/(g·cm−3) Density lgSw
    p-NP 100—02—7 113—114 279 169 1.480—1.50 -0.74
    苯酚Phenol 108—95—2 40.9 181.8 79 1.04—1.07 0
    对苯二酚p-dihydroxybenzene 123—31—9 170—173 285—287 165 1.330—1.332 N/A
    对苯醌p-benzoquinone 106—51—4 114—116 180 93 1.318—1.320 N/A
    4-硝基邻苯二酚4-nitrocatechol 3316—09—4 174—176 N/A N/A N/A N/A
    邻苯二酚o-dihydroxybenzene 120—80—9 105 245 127 1.344 0.62
    名称Sample 相对分子质量Molecular weight lgP 拓扑极表面积/Å2Topological polar surface area 氢键供体数量Hydrogen bond donor count 氢键受体数量Hydrogen bond acceptor count
    p-NP 139.1100 1.91 66 1 3
    苯酚Phenol 94.1130 1.46 20.2 1 1
    对苯二酚p-dihydroxybenzene 110.1120 0.59 40.5 2 2
    对苯醌p-benzoquinone 108.0960 0.2 34.1 0 2
    4-硝基邻苯二酚4-nitrocatechol 155.1090 1.66 86.3 2 4
    邻苯二酚o-dihydroxybenzene 110.1120 0.88 40.5 2 2
      说明:N/A为数据未查到
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    表 2  p-NP-DPs与FKBP5相互作用和理化性质Spearman相关性分析

    Table 2.  Spearman correlation between physicochemical property and interaction of p-NP-DPs and FKBP5

    理化性质Physicochemical property 结合能Absolute value of binding energy 结合面积Binding area
    相关性系数Correlation coefficient P 相关性系数Correlation coefficient P
    分子量Molecular weight −1** 0.0056 0.9276* 0.0167
    熔点Melting point −0.6377 0.2000 0.3714 0.4972
    沸点Boiling point −0.7182 0.1667 0.7000 0.2333
    闪点Flash point −0.9747* 0.0333 0.8000 0.1333
    密度Density −0.9747* 0.0333 0.9000 0.0833
    lgSw 0.5000 1.0000 −0.5000 1.0000
    lgP −0.5798 0.2389 0.7714 0.1028
    拓扑极表面积Topological polar surface area −1** 0.0056 0.9276* 0.0167
    氢键供体数量Hydrogen bond donor count −0.5323 0.3000 0.6172 0.2333
    氢键受体数量Hydrogen bond acceptor count −0.9549* 0.0167 0.8197 0.0667
      * P < 0.1,** P < 0.05.
    理化性质Physicochemical property 结合能Absolute value of binding energy 结合面积Binding area
    相关性系数Correlation coefficient P 相关性系数Correlation coefficient P
    分子量Molecular weight −1** 0.0056 0.9276* 0.0167
    熔点Melting point −0.6377 0.2000 0.3714 0.4972
    沸点Boiling point −0.7182 0.1667 0.7000 0.2333
    闪点Flash point −0.9747* 0.0333 0.8000 0.1333
    密度Density −0.9747* 0.0333 0.9000 0.0833
    lgSw 0.5000 1.0000 −0.5000 1.0000
    lgP −0.5798 0.2389 0.7714 0.1028
    拓扑极表面积Topological polar surface area −1** 0.0056 0.9276* 0.0167
    氢键供体数量Hydrogen bond donor count −0.5323 0.3000 0.6172 0.2333
    氢键受体数量Hydrogen bond acceptor count −0.9549* 0.0167 0.8197 0.0667
      * P < 0.1,** P < 0.05.
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    表 3  p-NP-DPs与FKBP5相互作用和理化性质Pearson相关性分析

    Table 3.  Pearson correlation between physicochemical property and interaction of p-NP-DPs and FKBP5

    理化性质Physicochemical property 结合能Absolute value of binding energy 结合面积Binding area
    相关性系数Correlation coefficient P 相关性系数Correlation coefficient P
    分子量Molecular weight −0.9591** 0.0025 0.9589** 0.0025
    熔点Melting point −0.7880 0.0626 0.4672 0.3502
    沸点Boiling point −0.7669 0.1303 0.6279 0.2567
    闪点Flash point −0.8471 0.0701 0.6638 0.2218
    密度Density −0.9928*** 0.0000 0.6887 0.1985
    lgSw 0.3750 0.7553 −0.6296 0.5665
    lgP −0.3641 0.4780 0.7306 0.0991
    拓扑极表面积Topological polar surface area −0.9743*** 0.0000 0.9597** 0.0024
    氢键供体数量Hydrogen bond donor count −0.4120 0.4170 0.4180 0.4095
    氢键受体数量Hydrogen bond acceptor count −0.9860*** 0.0000 0.9230** 0.0087
      ** P < 0.05,*** P < 0.01.
    理化性质Physicochemical property 结合能Absolute value of binding energy 结合面积Binding area
    相关性系数Correlation coefficient P 相关性系数Correlation coefficient P
    分子量Molecular weight −0.9591** 0.0025 0.9589** 0.0025
    熔点Melting point −0.7880 0.0626 0.4672 0.3502
    沸点Boiling point −0.7669 0.1303 0.6279 0.2567
    闪点Flash point −0.8471 0.0701 0.6638 0.2218
    密度Density −0.9928*** 0.0000 0.6887 0.1985
    lgSw 0.3750 0.7553 −0.6296 0.5665
    lgP −0.3641 0.4780 0.7306 0.0991
    拓扑极表面积Topological polar surface area −0.9743*** 0.0000 0.9597** 0.0024
    氢键供体数量Hydrogen bond donor count −0.4120 0.4170 0.4180 0.4095
    氢键受体数量Hydrogen bond acceptor count −0.9860*** 0.0000 0.9230** 0.0087
      ** P < 0.05,*** P < 0.01.
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-11-21
  • 录用日期:  2023-03-05
  • 刊出日期:  2024-05-27
杨传玺, 王小宁, 朱青, 薛岩, 刘琳, 刘永林, 谢康, 陈栋, 孙好芬, 王炜亮. 对硝基苯酚降解产物与FK506结合蛋白相互作用分子机制[J]. 环境化学, 2024, 43(5): 1659-1669. doi: 10.7524/j.issn.0254-6108.2022112101
引用本文: 杨传玺, 王小宁, 朱青, 薛岩, 刘琳, 刘永林, 谢康, 陈栋, 孙好芬, 王炜亮. 对硝基苯酚降解产物与FK506结合蛋白相互作用分子机制[J]. 环境化学, 2024, 43(5): 1659-1669. doi: 10.7524/j.issn.0254-6108.2022112101
YANG Chuanxi, WANG Xiaoning, ZHU Qing, XUE Yan, LIU Lin, LIU Yonglin, XIE Kang, CHEN Dong, SUN Haofen, WANG Weiliang. Molecular mechanism on interaction between p-nitrophenol degradation products and FK506 binding protein[J]. Environmental Chemistry, 2024, 43(5): 1659-1669. doi: 10.7524/j.issn.0254-6108.2022112101
Citation: YANG Chuanxi, WANG Xiaoning, ZHU Qing, XUE Yan, LIU Lin, LIU Yonglin, XIE Kang, CHEN Dong, SUN Haofen, WANG Weiliang. Molecular mechanism on interaction between p-nitrophenol degradation products and FK506 binding protein[J]. Environmental Chemistry, 2024, 43(5): 1659-1669. doi: 10.7524/j.issn.0254-6108.2022112101

对硝基苯酚降解产物与FK506结合蛋白相互作用分子机制

    通讯作者: E-mail:sdqcsdnu@163.com
  • 1. 青岛理工大学环境与市政工程学院,青岛,266520
  • 2. 山东省创新发展研究院,济南,250101
  • 3. 青岛理工大学管理工程学院,青岛,266520
  • 4. 济南大学土木建筑学院,济南,250022
基金项目:
国家自然科学基金(42207019,41672340)资助.

摘要: 对硝基苯酚(p-nitrophenol,p-NP)作为典型内分泌干扰物,其环境污染与人体健康问题一直是环境领域的研究热点. 环境中对硝基苯酚降解产物(p-NP degradation products,p-NP-DPs)与FK506结合蛋白(FK506 binding protein,FKBP5)结合形成p-NP-DPs-FKBP5加合物是p-NP-DPs产生雌激素和抗雄激素活性的主要机制. 然而,p-NP-DPs与FKBP5相互作用的分子水平机制尚未引起足够的重视. 本文采用分子对接技术模拟计算p-NP-DPs与FKBP5相互作用的结合能和结合面积. 结果表明,p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合面积顺序为213 Å2(4-硝基邻苯二酚)>200 Å2p-NP)>184 Å2(邻苯二酚)>175 Å2(对苯二酚)>173 Å2(苯酚)>171 Å2(对苯醌),结合能顺序为−3.69 kcal·mol−1(4-硝基邻苯二酚)> −3.76 kcal·mol−1p-NP)> −3.81 kcal·mol−1(对苯二酚/邻苯二酚)>−3.83 kcal·mol−1(对苯醌)> −3.91 kcal·mol−1(苯酚),高频氨基酸残基为Pro221、Gly224、Glu227、Ala228、Gly282、Lys283、Tyr284、Met285和Gln286,p-NP-DPs药效团主要包括氢键供体(—OH)、氢键受体(—NO2和C=O)、芳香中心(苯环)和疏水中心(C原子). p-NP-DPs理化性质对p-NP-DPs与FKBP5相互作用强度的影响主要取决于分子量和拓扑极表面积(100%)、氢键受体数量(75%)、密度(50%)和闪点(25%). 本研究对认识水环境中p-NP-DPs分子水平健康效应和环境风险具有重要科学意义.

English Abstract

  • 对硝基苯酚(p-nitrophenol,p-NP)是一种重要的有机合成材料,同时也是典型内分泌干扰物和难降解有机污染物,在自然环境中半衰期较长,对水生生物、水体环境和人体健康均有不利影响[13]. 美国环境保护署将p-NP列为水体中的优先控制污染物,同时p-NP也是我国饮用水水质标准中的污染物控制指标之一[46].

    p-NP具有雌激素活性和抗雄激素活性, 研究表明p-NP可能分别与雌激素受体和雄激素受体相互作用[7]. Li等[8]通过体内实验发现每天向未成熟雌性大鼠注射p-NP会导致子宫重量显著增加,而向未成熟雄性大鼠施用p-NP则会导致生长依赖雄激素的副性腺重量减少. 而Zhang等[9]研究发现,经p-NP治疗的未成熟雄性大鼠的血清雄激素浓度和雄激素受体表达水平均上调,这表明p-NP抗雄激素活性的分子机制是复杂的. 雄激素受体活性通过直接蛋白-蛋白相互作用调节,应激诱导的热激蛋白(heat shock protein 90,HSP)与伴侣蛋白FK506结合蛋白(FK506 binding protein,FKBP5)通过形成FKBP5-Hsp90超复合物来调节雄激素受体活性[10]. 尽管p-NP在体内具有抗雄激素作用,但p-NP抑制雄激素受体信号的分子机制仍不十分清楚. Wu等[11]来用微摩尔亲和力(micromolar affinity)表征了p-NP与FKBP51的结合,实验和分子动力学模拟结果发现p-NP稳定地结合在FK1区域,p-NP结合的热点残基主要是疏水性官能团,p-NP可能通过下调雄激素受体活性激活下游基因的表达水平抑制人类前列腺癌细胞的雄激素依赖性生长,研究结果可以为评估p-NP的潜在健康影响提供新的指导.

    近年来,分子对接技术作为计算生物学重要组成部分,在药物研发、生物修复以及计算毒理学等领域起到重要作用[1213]. Ding等[14]利用分子对接技术研究了对羟基苯甲酸酯类物质侧链官能团对其抗雄激素活性的影响,结果表明侧链官能团的种类和长度对抗雄激素活性存在显著影响,同时对羟基苯甲酸酯类物质抗雄激素活性与结合能呈线性关系. Ng等[15]为了研究全氟化合物的生物累积性,利用分子对接技术预测其结合强度和生物半衰期,结果表明全氟辛烷磺酸能够成功对接到人血清白蛋白上且偏差小于2 Å,为新污染物的环境风险管控提供新的思路. 江文婷等[16]利用分子对接技术研究抗冻多肽与海鲈鱼肌球蛋白重链的作用位点及可能的作用机制,结果表明肽段GPR和GPAGGK能够通过碳氢键、氢键和范德华力等分子作用力对海鲈鱼肌球蛋白的结构及聚集行为产生影响,阻碍蛋白侧链聚集、结构改变和冰晶的位移等.

    有关研究已经对p-NP在环境中的降解路径和降解产物进行了研究,然而环境中p-NP降解产物(p-NP degradation products,p-NP-DPs)与FKBP5相互作用及其分子水平机制的研究尚未开展. 赵子晗[17]利用紫外全谱扫描和液质联用测定p-NP-DPs,主要有对苯二酚、邻苯二酚、4-硝基邻苯二酚、1,2,4-苯三酚、对苯醌、苯酚等6种物质. Yang等[18]发现环境中p-NP-DPs主要包括对苯二酚、邻苯二酚、4-硝基邻苯二酚、对苯醌、苯酚以及小分子有机酸. p-NP-DPs与和FKBP5相互作用机理尚不清晰,而p-NP-DPs与FKBP5相互作用性能和机理对于理解和防控环境中p-NP对人体的健康风险十分重要. 小分子污染物的降解产物由于具有污染物类似的结构而具有相似的环境效应,污染物与受体蛋白的相互作用受到官能团和分子量等理化性质的影响[1922]. Anzelle等[23]通过研究亚甲基蓝结构类似物对单胺氧化酶抑制作用的影响,结果发现亚甲基蓝、Azure B和ethylthioninium chloride(ETC)对单胺氧化酶A(monoamine oxidase A,MAOA)和单胺氧化酶B(monoamine oxidase B,MAOB)的半数抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC50)分别为0.07 μmol·L−1(亚甲基蓝-MAOA)、0.01 μmol·L−1(Azure B-MAOA)和0.51 μmol·L−1(ETC-MAOA),4.47 μmol·L−1(亚甲基蓝-MAOB)、0.97 μmol·L−1(Azure B-MAOB)和0.59 μmol·L−1(ETC-MAOB). 袁霞等[24]通过HRMS Orbitrap和GC-MS鉴定出UV/氯高级氧化工艺降解卡马西平的10种降解产物,并利用发光细菌毒性实验和ECOSAR预测卡马西平降解产物的毒性,结果表明卡马西平在UV/氯高级氧化工艺中产生更高毒性的中间产物,对水质安全和污染物毒性管控造成潜在风险.

    环境中p-NP-DPs与FKBP5结合形成p-NP-DPs-FKBP5加合物是产生雌激素和抗雄激素活性的主要机制[810],而p-NP-DPs与FKBP5结合的分子水平机制亟需阐述清楚. 基于此,本文采用通过分子对接技术模拟计算p-NP-DPs与FKBP5相互作用的结合能和结合面积. 在此基础上,通过Spearman相关性和Pearson相关性分析探讨p-NP-DPs理化性质对p-NP-DPs与FKBP5结合的影响,剖析影响p-NP-DPs与FKBP5结合的关键因子,从分子水平阐述p-NP-DPs与FKBP5相互作用的本质. 研究结果有助于增进人们对水环境中p-NP-DPs新污染物分子水平健康效应和环境风险的认识和理解.

    • 选择用于分子对接研究的p-NP-DPs为p-NP、苯酚、对苯二酚、对苯醌、4-硝基邻苯二酚和邻苯二酚,化学结构式及其理化性质分别见图1表1. 根据p-NP-DPs的CAS号,通过PubChem网站(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下载小分子三维结构,利用分子可视化软件分别对配体小分子进行电荷、质子化状态确认. 通过AutoDock 4.2软件Minimized模块对小分子进行能量最优化、加氢、加电荷及完善结构处理实现小分子的结构修饰,最后将p-NP-DPs的三维结构分别保存为pdb格式文件作为配体结构.

      FKBP5原始结构(PDB: 5OMP)从国际标准蛋白质数据库(http://www.rcsb.org/)下载[25]. 通过分子可视化软件对FKBP5进行去除水分子和不需要的杂原子等操作处理,然后通过AutoDock 4.2软件Minimized模块将目的蛋白结构进行能量最优化,同时进行加氢、加电荷及补充大分子的氨基酸残缺结构等完善蛋白结构,最后将FKBP5的晶体结构保存为pdb格式作为受体结构.

      打开AutoDock 4.2软件,导入受体结构,确定分子对接口袋区;导入配体结构,通过Dock模块进行分子对接. 通过给出配体与受体结合时氢键、疏水作用、结合面积、能量变化、药效团等参数,对p-NP-DPs与FKBP5相互作用及其分子机制进行解析.

    • 采用SPSS 25.0软件(IBM, Armonk,NY,美国)对实验结果进行统计分析. 采用Pearson相关性和Spearman相关性对p-NP-DPs与FKBP5相互作用参数和p-NP-DPs理化性质之间的相关性进行分析,P<0.05被认为具有统计学意义. 根据公式(1)—(4)计算 Pearson 相关性:

      式中SX i SY j是样本Xi和样本Yj的标准差,Cov(Xi,Yj是样本Xi和样本Yj的协方差,m表示样本中个体的序号,n表示样本的容量. 样本Xi代表p-NP-DPS的11种理化性质,当i=1, 2…11时分别对应分子量、熔点、沸点、闪点、密度、lgSw、亨利常数、lgP、拓扑极表面积、氢键供体数量和氢键受体数量. 样本Yj代表p-NP-DPS与FKBP5相互作用强度,当j=1, 2时分别对应结合能绝对值和结合面积.

      根据公式(5)计算Spearman相关性:

      式中,dm是样本XiYj中的第m个体的等级差,n表示样本的容量. 样本Xi代表p-NP和p-NP-DPS的11种理化性质,当i=1, 2…11时分别对应分子量、熔点、沸点、闪点、密度、lgSw、亨利常数、lgP、拓扑极表面积、氢键供体数量和氢键受体数量. 样本Yj代表p-NP-DPS与FKBP5相互作用强度,当j=1, 2时分别对应结合能绝对值和结合面积.

    • 分子对接是目前计算化学中一种重要的研究方法,可用于p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合位点和相互作用的研究[2627]. p-NP-DPs与FKBP5分子对接后的最优位置如图2所示. 由图2(a)可知,p-NP与FKBP5相互作用的关键氨基酸为Glu227、Ala228、Lys254、Glu255、Gly282、Met285、Gln286和Trp297. p-NP与FKBP5的相互作用包括—OH→Gly282(氢键)、—OH→Glu227(氢键)、—NO2←Met285(氢键)、—OH→Gln286(氢键)、—OH→Lys254(氢键)、苯环-Trp297(π-π/范德华力相互作用)、苯环-Glu227(范德华力相互作用)、—OH→Glu255(氢键)和苯环-Ala228(范德华力相互作用). 受体和供体相互作用的强度由结合能和结合面积决定,p-NP与FKBP5相互作用的结合能和结合面积分别为−3.76 kcal·mol−1和200 Å2.

      图2(b)所示,苯酚与FKBP5相互作用的关键氨基酸为Pro221、Glu227、Lys254、Glu255、Lys283、Met285、Gln286和Trp297. 苯酚与FKBP5的相互作用包括—OH→Gln286(氢键)、—OH→Pro221(氢键)、—OH→Lys254(氢键)、苯环-Trp297(π-π/范德华力相互作用)、—OH→Glu227(氢键)、苯环-Met285(范德华力相互作用)、苯环-Lys283(范德华力相互作用)、苯环-Glu227(范德华力相互作用)和—OH→Glu255(氢键). 苯酚与FKBP5相互作用的结合能和结合面积分别为−3.91 kcal·mol−1和173 Å2.

      图2(c)所示,对苯二酚与FKBP5相互作用的关键氨基酸为Pro221、Glu227、Gly282、Gln286和Arg331. 对苯二酚与FKBP5的相互作用包括—OH→Gln286(氢键)、—OH→Pro221(氢键)、—OH→Glu227(氢键)、—OH→Gly282(氢键)和—OH←Arg331(氢键). 对苯二酚与FKBP5相互作用的结合能和结合面积分别为-3.81 kcal·mol−1和175 Å2.

      图2(d)所示,对苯醌与FKBP5相互作用的关键氨基酸为Lys204、Ala228、Met285、Arg331和Lys335. 对苯醌与FKBP5的相互作用包括C=O←Met285(氢键)、C=O←Arg331(氢键)、C=O←Ala228(氢键)、苯环-Ala228(范德华力相互作用)、C=O←Lys204(氢键)和C=O←Lys335(氢键). 对苯醌与FKBP5相互作用的结合能和结合面积分别为−3.83 kcal·mol−1和171 Å2.

      图2(e)所示,4-硝基邻苯二酚与FKBP5相互作用的关键氨基酸为Gly224、Asn238、Gly282、Met285和Gln286. 4-硝基邻苯二酚与FKBP5的相互作用包括—OH→Gly282(氢键)、—NO2 ←Met285(氢键)、—NO2←Asn238(氢键)、—OH→Gln286(氢键)和—OH→Gly224(氢键). 4-硝基邻苯二酚与FKBP5相互作用的结合能和结合面积分别为−3.69 kcal·mol−1和213 Å2.

      图2(f)所示,邻苯二酚与FKBP5相互作用的关键氨基酸为Gly224、Glu227、Ala228、Gly282、Tyr284和Gln286. 邻苯二酚与FKBP5的相互作用包括—OH→Gln286(氢键)、—OH→Gly224(氢键)、—OH→Gly282(氢键)、苯环-Ala228(范德华力相互作用)、—OH→Glu227(氢键)和苯环-Tyr284(π-π/范德华力相互作用). 邻苯二酚与FKBP5相互作用的结合能和结合面积分别为−3.81 kcal·mol−1和184 Å2.

    • p-NP-DPs与FKBP5相互作用结果如图3(a)所示. p-NP-DPs与FKBP5相互作用的结合面积顺序为213 Å2(4-硝基邻苯二酚)> 200 Å2p-NP)> 184 Å2(邻苯二酚)> 175 Å2(对苯二酚)> 173 Å2(苯酚)> 171 Å2(对苯醌),而p-NP-DPs与FKBP5相互作用的结合能顺序为−3.69 kcal·mol−1(4-硝基邻苯二酚)> −3.76 kcal·mol−1p-NP)> −3.81 kcal·mol−1(对苯二酚/邻苯二酚)> −3.83 kcal·mol−1(对苯醌)> −3.91 kcal·mol−1(苯酚).

      结合面积的数值越正意味着p-NP-DPs与FKBP5相互作用越强,而结合能的数值越负意味着p-NP-DPs与FKBP5相互作用越强,基于结合面积因素,p-NP-DPs与FKBP5相互作用强度大小顺序为4-硝基邻苯二酚 > p-NP > 邻苯二酚 > 对苯二酚 > 苯酚 > 对苯醌;基于结合能因素,p-NP-DPs与FKBP5相互作用强度大小顺序为苯酚 > 对苯醌 > 对苯二酚/邻苯二酚 > p-NP > 4-硝基邻苯二酚. 因此,结合能和结合面积对p-NP-DPs与FKBP5相互作用的影响是复杂的,p-NP-DPs与FKBP5相互作用的强度取决于结合能和结合面积复合作用的结果[28].

      影响p-NP-DPs与FKBP5相互作用的关键因素可能是小分子的种类,而分子量是决定小分子性能和结构的关键因素,因此,研究p-NP-DPs分子量对p-NP-DPs与FKBP5相互作用的影响十分必要. p-NP-DPs分子量对p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合面积的影响如图3(b)所示,结果表明p-NP-DPs分子量越大,p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合面积越大,二者呈正相关关系,线性相关系数R2=0.9194,表明污染物分子量越大,污染物与受体蛋白相互作用越强,污染物环境风险越大. 而p-NP-DPs分子量对p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合能的影响如图3(c)所示,p-NP-DPs分子量越大,p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合能越大,二者呈正相关关系,线性相关系数R2=0.9198,表明污染物分子量越小,污染物与受体蛋白相互作用越强,污染物环境风险越大. p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合面积和结合能的影响如图3(d)所示,结果表明结合面积和结合能呈正相关关系,线性相关系数R2=0.7906,因此分子量对p-NP-DPs与FKBP5相互作用强度影响随分子量增加呈“先升后降”趋势,过大的分子量导致污染物空间结构变大,受体蛋白空间位阻抑制p-NP-DPs与FKBP5相互结合,而过小的分子量则因为官能团和药效团减少抑制了p-NP-DPs与FKBP5相互结合[2930].

      p-NP-DPs与FKBP5相互作用的结合区域如图4所示,p-NP-DPs药效团如图5所示. p-NP与FKBP5相互作用结合区域由Glu227、Ala228、Lys254、Glu255、Gly282、Met285、Gln286和Trp297组成,结合面积200 Å2图4a),p-NP的药效团为氢键供体(—OH)、氢键受体(—NO2)和芳香中心-疏水中心(苯环及其C原子),如图5a所示. 苯酚与FKBP5相互作用结合区域由Pro221、Glu227、Lys254、Glu255、Lys283、Met285、Gln286和Trp297组成,结合面积173 Å2图4b),苯酚的药效团为氢键供体(—OH)、芳香中心(苯环)和芳香中心-疏水中心(苯环上C原子),如图5b所示. 对苯二酚与FKBP5相互作用结合区域由Pro221、Glu227、Gly282、Gln286和Arg331组成,结合面积175 Å2图4c),对苯二酚的药效团为氢键供体(—OH),如图5c所示. 对苯醌与FKBP5相互作用结合区域由Lys204、Ala228、Met285、Arg331和Lys335组成,结合面积171 Å2图4d),对苯醌的药效团为氢键受体(C=O)和疏水中心(苯环),如图5d所示. 4-硝基邻苯二酚与FKBP5相互作用结合区域由Gly224、Asn238、Gly282、Met285和Gln286组成,结合面积213 Å2图4e),4-硝基邻苯二酚的药效团为氢键供体(—OH)和氢键受体(—NO2),如图5e所示. 邻苯二酚与FKBP5相互作用结合区域由Gly224、Glu227、Ala228、Gly282、Tyr284和Gln286组成,结合面积184 Å2图4f),邻苯二酚的药效团为氢键供体(—OH)和芳香中心-疏水中心(苯环),如图5f所示.

      p-NP-DPs与FKBP5相互作用的氨基酸残基分布如图6所示,结果表明氨基酸残基分布区间为Lys204(对苯醌和FKBP5)到Lys335(对苯醌和FKBP5),其中高频氨基酸残基主要由两个区域组成,包括氨基酸残基序号221—228(Pro221、Gly224、Glu227、Ala228)和氨基酸残基序号282—286(Gly282、Lys283、Tyr284、Met285、Gln286).

    • p-NP-DPs分子结构的不同导致其理化性质(分子量、熔点、沸点、闪点、密度、lgSw、lgP、拓扑极表面积、氢键供体数量和氢键受体数量,表1)差异显著[3132]. 为了明确p-NP-DPs与FKBP5相互作用强度与p-NP-DPs物理化学性质之间的关系,分别采用SPSS软件中的Spearman相关性和Pearson相关性分析了分子量、熔点、沸点、闪点、密度、lgSw、lgP、拓扑极表面积、氢键供体数量和氢键受体数量分别与结合面积和结合能绝对值之间的相关性. 表2为利用Spearman相关性分析理化性质对p-NP-DPs与FKBP5相互作用的影响,结果表明结合能绝对值与分子量和拓扑极表面积在0.01水平的相关系数均达到-1,与闪点、密度和氢键受体数量在0.05水平的相关系数达到-0.9747、-0.9747和-0.9549,表明结合能绝对值与分子量、拓扑极表面积、闪点、密度和氢键受体数量呈显著的负相关关系. 结合能绝对值与熔点、沸点、lgSw、lgP和氢键供体数量的相关系数分别为-0.6377、-0.7182、0.5000、-0.5798和-0.5323,且P>0.05,结合能绝对值与熔点、沸点、lgSw、lgP和氢键供体数量无相关性. 而结合面积仅与分子量和拓扑极表面积在0.05水平的相关系数均达到0.9276,表明结合面积仅与分子量和拓扑极表面积呈显著的正相关关系.

      表3为利用Pearson相关性分析理化性质对p-NP-DPs与FKBP5相互作用的影响,结果表明结合能绝对值与分子量在0.01水平的相关系数达到−0.9591,与密度、拓扑极表面积和氢键受体数量在0.001水平的相关系数分别达到−0.9928、−0.9743和−0.9860,表明结合能绝对值与分子量、密度、拓扑极表面积和氢键受体数量呈显著的负相关关系. 结合面积与分子量、拓扑极表面积和氢键受体数量在0.01水平的相关系数达到0.9589、0.9597和0.9230,表明结合面积与分子量、拓扑极表面积和氢键受体数量呈显著的正相关关系. 结果表明,p-NP-DPs分子结构及理化性质对p-NP-DPs与FKBP5相互作用强度的影响主要取决于分子量和拓扑极表面积(100%)> 氢键受体数量(75%)> 密度(50%)> 闪点(25%).

    • (1)p-NP-DPs与FKBP5相互作用结合面积顺序为213 Å2(4-硝基邻苯二酚)> 200 Å2p-NP)> 184 Å2(邻苯二酚)> 175 Å2(对苯二酚)> 173 Å2(苯酚)> 171 Å2(对苯醌),结合能顺序为−3.69 kcal·mol−1(4-硝基邻苯二酚)> −3.76 kcal·mol−1p-NP)> −3.81 kcal·mol−1(对苯二酚/邻苯二酚)> −3.83 kcal·mol−1(对苯醌)> −3.91 kcal·mol−1(苯酚).

      (2)p-NP-DPs与FKBP5相互作用高频氨基酸残基为Pro221、Gly224、Glu227、Ala228(221-228)和Gly282、Lys283、Tyr284、Met285、Gln286(282-286),p-NP-DPs的药效团主要包括氢键供体、氢键受体、芳香中心和疏水中心.

      (3)p-NP-DPs理化性质对p-NP-DPs与FKBP5相互作用强度的影响主要取决于分子量和拓扑极表面积(100%)> 氢键受体数量(75%)> 密度(50%)> 闪点(25%).

    参考文献 (32)

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