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环介导等温扩增技术(LAMP)检测人星状病毒方法的建立及其在再生水检测中的应用

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杨丽, 何晓青, 韦玉梅, 朱轶, 程莉, 王子健, 黄文. 环介导等温扩增技术(LAMP)检测人星状病毒方法的建立及其在再生水检测中的应用[J]. 生态毒理学报, 2011, 6(6): 600-606.
引用本文: 杨丽, 何晓青, 韦玉梅, 朱轶, 程莉, 王子健, 黄文. 环介导等温扩增技术(LAMP)检测人星状病毒方法的建立及其在再生水检测中的应用[J]. 生态毒理学报, 2011, 6(6): 600-606.
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Yang Li, He Xiaoqing, Wei Yumei, Zhu Yi, Cheng Li, Wang Zijian, Huang Wen. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) for Detection of Human Astrovirus and Its Application in Reclaimed Water[J]. Asian journal of ecotoxicology, 2011, 6(6): 600-606.
Citation: Yang Li, He Xiaoqing, Wei Yumei, Zhu Yi, Cheng Li, Wang Zijian, Huang Wen. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) for Detection of Human Astrovirus and Its Application in Reclaimed Water[J]. Asian journal of ecotoxicology, 2011, 6(6): 600-606.
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环介导等温扩增技术(LAMP)检测人星状病毒方法的建立及其在再生水检测中的应用

  • 1. 北京林业大学生物科学与技术学院, 北京 100083;

  • 2. 中国科学院生态环境研究中心环境水质学国家重点实验室, 北京 100085;

  • 3. 华中农业大学食品科技学院, 湖北武汉 430070

    • 作者简介: 杨丽(1986-),女,硕士研究生,主要研究方向为水环境中病原微生物检测,E-mail:yl870723@sina.com
  • 基金项目:

    国家水体污染控制与治理科技重大专项(2009ZX07527-005),国家"863"重点项目(2008AA062501),中国科学院生态环境研究中心环境水质学国家重点实验室开放基金课题(2009-001)

  • 中图分类号: X171.5

Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) for Detection of Human Astrovirus and Its Application in Reclaimed Water

  • 1. School of Biological Sciences and Technology, Beijing Forestry University, Beijing 100083, China;

  • 2. State Key Laboratory of Environmental Aquatic Chemistry, Research Center for Eco-Environmental Sciences, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100085, China;

  • 3. School of Food Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China

  • Fund Project:

摘要

  • 摘要: 为快速高效地检测人星状病毒,建立了一种新的试验方法——环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification technology,LAMP),并对人星状病毒LAMP反应条件进行了优化。结果表明,镁离子终浓度为4 mmol·L-1、甜菜碱终浓度为1 mol·L-1的25 μL体系下65℃反应90 min为其最佳反应条件。对扩增终产物进一步进行酶切分析得到的条带大小与预期的结果(84和135 bp)吻合,以人星状病毒、轮状病毒及诺如病毒为模板进行特异性测试亦没有发生交叉反应。将人星状病毒质粒等倍稀释后分别用LAMP及聚合酶链式反应(PCR)检测其灵敏度,结果表明,LAMP与PCR的灵敏度分别达到5.04 copies·μL-1和50.4 copies·μL-1。用改良的逆转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)及逆转录PCR (RT-PCR)检测12个再生水水样,其中人星状病毒检出率为分别为41.7%(5/12)和33.3%(4/12)。以上结果证明,LAMP是一种检测程序简单、灵敏度和特异性较高的检测手段,在人星状病毒的快速检测方面具有一定的开发潜力。
    Abstract: A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) technology was developed for rapidly detecting human astrovirus. The data showed that the optimal amplification condition was at 65℃ for 90 min with 4 mmol·L-1 magnesium ions and 1 mol·L-1 betaine. The specificity of RT-LAMP assay was further validated by restriction analgsis of the amplified products and we got two bands (84bp and 135bp) as expected. There is also no cross-reaction with different virus (human rotavirus and norovirus) and restriction analysis of the amplified products. The sensitivity of the LAMP and PCR were 5.04 copies·μL-1 and 5.04×10 copies·μL-1, respectively. Improved RT-LAMP and RT-PCR were both used for detection of human astrovirus in 12 reclaimed water samples. The detection rates of human astrovirus were 41.7% (5/12) and 33.3% (4/12), respectively. All these results suggested that LAMP was a simple, high sensitivity and specificity method which was potential for rapid detection of human astrovirus.
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  • 施引文献:  0
出版历程
  • 收稿日期:  2011-02-13
杨丽, 何晓青, 韦玉梅, 朱轶, 程莉, 王子健, 黄文. 环介导等温扩增技术(LAMP)检测人星状病毒方法的建立及其在再生水检测中的应用[J]. 生态毒理学报, 2011, 6(6): 600-606.
引用本文: 杨丽, 何晓青, 韦玉梅, 朱轶, 程莉, 王子健, 黄文. 环介导等温扩增技术(LAMP)检测人星状病毒方法的建立及其在再生水检测中的应用[J]. 生态毒理学报, 2011, 6(6): 600-606.
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Yang Li, He Xiaoqing, Wei Yumei, Zhu Yi, Cheng Li, Wang Zijian, Huang Wen. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) for Detection of Human Astrovirus and Its Application in Reclaimed Water[J]. Asian journal of ecotoxicology, 2011, 6(6): 600-606.
Citation: Yang Li, He Xiaoqing, Wei Yumei, Zhu Yi, Cheng Li, Wang Zijian, Huang Wen. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) for Detection of Human Astrovirus and Its Application in Reclaimed Water[J]. Asian journal of ecotoxicology, 2011, 6(6): 600-606.
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环介导等温扩增技术(LAMP)检测人星状病毒方法的建立及其在再生水检测中的应用

    作者简介: 杨丽(1986-),女,硕士研究生,主要研究方向为水环境中病原微生物检测,E-mail:yl870723@sina.com
  • 1. 北京林业大学生物科学与技术学院, 北京 100083;
  • 2. 中国科学院生态环境研究中心环境水质学国家重点实验室, 北京 100085;
  • 3. 华中农业大学食品科技学院, 湖北武汉 430070
  • 收稿日期:  2011-02-13
基金项目:

国家水体污染控制与治理科技重大专项(2009ZX07527-005),国家"863"重点项目(2008AA062501),中国科学院生态环境研究中心环境水质学国家重点实验室开放基金课题(2009-001)

摘要: 为快速高效地检测人星状病毒,建立了一种新的试验方法——环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification technology,LAMP),并对人星状病毒LAMP反应条件进行了优化。结果表明,镁离子终浓度为4 mmol·L-1、甜菜碱终浓度为1 mol·L-1的25 μL体系下65℃反应90 min为其最佳反应条件。对扩增终产物进一步进行酶切分析得到的条带大小与预期的结果(84和135 bp)吻合,以人星状病毒、轮状病毒及诺如病毒为模板进行特异性测试亦没有发生交叉反应。将人星状病毒质粒等倍稀释后分别用LAMP及聚合酶链式反应(PCR)检测其灵敏度,结果表明,LAMP与PCR的灵敏度分别达到5.04 copies·μL-1和50.4 copies·μL-1。用改良的逆转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)及逆转录PCR (RT-PCR)检测12个再生水水样,其中人星状病毒检出率为分别为41.7%(5/12)和33.3%(4/12)。以上结果证明,LAMP是一种检测程序简单、灵敏度和特异性较高的检测手段,在人星状病毒的快速检测方面具有一定的开发潜力。

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